UCSF Chimera是一个可高度延伸的程序，用于分子构造和干系数据的交互式可视化和剖析。紧张包括：密度图，超分子组合，顺序排列，对接结果，轨迹和构象整合。也可以天生高质量图像和动画。Chimera包括完全的程序解释书和几个教程。学术，政府和非营利机构和个人利用者可以免费下载。
下载办法
UCSF Chimera为免费软件，本例中利用的版本为Chimera-1.15，可根据电脑系统选择下载，下载地址如下：
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html
此外，也可下载ChimeraX，功能基本相同，命令利用上有细微差别，下载地址如下：
http://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/download.html
操作演示
本期内容为大家分享如何利用Chimera来绘制活性位点类似的两个蛋白的构造比对图，我们以β-1,4-聚糖酶（PDB ID：1EXP）和纤维生物水解酶I（PDB ID：1CEL）为例进行演示。
构造叠合
打开软件后，通过菜单栏点击Favorites>Command Line打开命令行；
输入命令导入蛋白构造：
Command：open 1expCommand：open 1cel
也可通过菜单栏的File>open...来导入本地文件，或Fetch by ID...来下载蛋白构造；
利用focus命令使蛋白居中显示；
Command：focus
1cel蛋白包含两个亚基，A链与B链，我们将B链删除，只保留A链；
Command：delete :.bCommand：focus
利用ribbons（显示为丝带状）预设，然后暂时先将所有的原子和键隐蔽；
Command：preset apply int 1Command：~disp
变动配色方案，将1exp显示为金色，1cel显示为青色，并修正背景色变动为白色；把稳1exp对应Model 0，1cel对应Model 1；
Command：color gold #0Command：color cyan #1Command：background solid white
下面我们展示两个蛋白的活性区域残基，并基于这些残基对蛋白构造进行叠合。在本例中，1exp中活性残基包括W84、N126、E233、Y171以及H205，1cel包含的残基包括W367、N141、E217、Y145以及H228。可以把稳到两个蛋白中的这些氨基酸残基的类型是相同的，依次输入以下命令来进行叠合和展示，把稳残基类型和顺序应保持同等；
Command：alias site1 #0:84,126,233,171,205Command：alias site2 #1:367,141,217,145,228Command：alias both site1 | site2Command：disp bothCommand：match iterate 2.0 site2 site1
绘图调度
此时，可以把稳到蛋白构造已经叠合完成，且我们须要显示的氨基酸残基以棒状构造进行了展示，当然，这个图不足清晰的展示两个构造活性位点的差异性，我们须要进一步调整。
输入以下命令居中显示并修正颜色方案：
Command：focus bothCommand：color byhet
通过增加细分，使棒状和丝带状构造显示的更加平滑；
Command：set subdivision 10
下面我们变动一下丝带状构造的透明度以突出主体部分，使显示的更加清晰明了，输入以下命令，设置透明度为75%；
Command: transparency 75,r
把稳命令里的“r”为“ribbons”的缩写，这样我们就可以只变动Ribbons的透明度而不影响其他构造。
此时，可能会以为透明度彷佛不屈均，有些局部过亮，透明的表面在侧视时看起来比正面更不透明，不是很自然，可以通过以下命令来办理；
Command：set flatTransparency
还可以调度一些细节，如侧链棒状构造末端为圆形，可以通过以下命令将这些末端弄平；
Command：repr wire @ca
还可以对丝带状构造进行更多细节的调度，通过在菜单栏点击Tools>Depiction> Ribbon Style Editor打开Ribbon Style Editor窗口，在这里可调度参数来改变螺旋、折叠等构造的厚度、宽度等，本例中调度如下，大家可根据自己须要进行调度；
调度时可通过点击“Apply”按钮来运用设置，通过多次调度来得到想要的结果。通过点击Save As可对调整后的参数进行保存，下次利用时，可以通过直接应用命令来直接应用设置，如我们保存命名为“slim”，则可通过下面命令直接应用；
Command：ribscale slim
我们可以通过鼠标进行旋转、放大缩小、移动等操作，来得到一个比较得当的视角，在不断的调度过程中，如果能够及时保存某个得当视角，那就不需担心前面事情以及视角的丢失了。可以通过以下命令来分别保存和规复视角；
Command：savepos closeupCommand：reset closeup
作图时，可能须要两个分开的蛋白构造并排显示，比如我们将1exp沿X轴向左移动一定间隔，而将1cel沿X轴向右移动一定间隔，即可使两个蛋白构造并排显示，可通过以下命令来实现；
Command：move x -25 models #0Command：move x 30 models #1
同样的，将该视图保存一下，之后如果须要规复，可以很方便的找到；
Command：savepos sidebyside
现在我们规复到前面蛋白叠合的视图，我们前面将其保存为“closeup”，那么通过以下命令规复该视图；
Command：reset closeup
如果须要添加标签，可以输入以下命令显示Label，并将标签放置在α-碳附近，而不是残基中央；
Command：rlab @/displayCommand：setattr m residueLabelPos 2
可通过菜单栏Actions>Label对标签的显示样式进行变动，如通过Actions>Label>residue>custom来自定义显示信息；
可通过Actions>Color对标签颜色进行变动；
如需对标签进行移动，可通过菜单栏Favorites>Preferences打开设置窗口；
在Category右侧的下拉菜单中选择Mouse，对鼠标按键进行设置，如修正Label对应的Button为1，点击Save，之后便可以通过鼠标左键对标签进行移动；
利用完成后修正回原设置即可，当然也可修正其他的按键。
实际上，利用Chimera进行标签大小、字体、颜色、轮廓线等的调度并不十分方便，一木比较推举利用其他工具如PS、AI、PPT等工具另加标签。这里我们先将标签隐蔽，输入以下命令；
Command：~rlab
保存图片
图片绘制完成后，就可以对图片进行保存了，通过windowsize命令可调度窗口的大小，来得到精确长宽的图片；
Command：windowsize 1100 870
通过菜单栏点击File>Save Image，然后选择文件保存位置和图片格式，一样平常选择.png格式，然后点击Save保存即可。
通过不同图片的组合，我们可以得到不同的展示效果，如这里我们借助PS进行了图片组合，展示了两个蛋白的整体构造和活性位点的差异性，当然这里我们只是大略的进行了标识，实际运用中可以增加更多的标识来进行图片的解释，大家可以根据自身的需求，灵巧运用软件来绘制各式的图片。
总结
本期一木以β-1,4-聚糖酶和纤维生物水解酶I两个蛋白晶体构造为例，为大家分享了在UCSF Chimera软件中绘制两个蛋白相似结合口袋的比较图的详细步骤，大家可根据自身需求绘制更多好看的图片。当然，UCSF Chimera的功能远不止于此，之后一木会分享更多的UCSF Chimera利用教程，敬请期待~