导语：上期
那么用这个文件是不是就能构建进化树呢，当然可以。方法也很大略，单击菜单【File】→【Open A File/Session】，打开上述.meg文件，点击工具栏中的【PHYLOGENY】→【Construct/Test Neighbor-Joining Tree】，表示用毗邻法构建进化树。在弹出的对话框中选择参数，一样平常默认即可。这样就天生了一个最大略的进化树。
现在问题来了，进化树是有了，但这棵树长得其实有点丑，最大的问题在于后面一长条英文看得人脑壳疼。那么怎么办理呢？
2.进化树2.0版本2.1序列预处理
我们知道进化树的基本浸染是反响物种的进化关系，而在分子生物学的研究中，进化树也能反响某单个或几个基因的进化情形。上一期的推送里我们的目的基因是水稻绿色革命基因SD1，这是一个赤霉素20氧化酶基因。我们在NCBI下载其同源序列后得到的FASTA文件是这样的：
现在创造问题了吧，从NCBI下载的序列中，每条序列的名称非常繁琐，这也直接导致了我们后面的进化树涌现了一条条很长的英文。办理办法也很随意马虎，直接将“>”后面序列名称改成简称就行了。比如第一条序列是我们的目的基因SD1，第二条序列可以按照简写直接命名成AtGA20ox1，个中的At是拟南芥的简写，GA20ox1表示赤霉素20氧化酶1。这也是UniProt网站上蛋白序列的命名规则。
其余一个问题是假阳性的问题，既然我们的目的基因是一个赤霉素20氧化酶，那么我们只须要关注这个家族的蛋白，因此像下面这些蛋白序列则须要手动删除。
2.2 重新构建进化树
序列处理完成后，按照上面的方法重新构建进化树，这样就得到了我们的进化树2.0版本。看起来好看多了！
3.进化树3.0版本
MEGA软件本身供应了很多进化树编辑的工具，在天生进化树的Tree Explorer窗供词给了多种小工具，这里仅列举几种。
3.1 改变进化树形状
上面一排有两个树形的按钮，可用于改变进化树的形状，包括矩形、辐射形和圆圈形（下图从左到右），也可以调度序列名称是否对齐。
3.2 显示分支节点属性
Tree Explorer窗口左侧一栏也有大量的选项，下图列举了部分功能。这些按钮能在进化树上显示出相应的信息，常用的有节点属性、分支长度和序列名称等信息。
3.3 调度序列名称字体和颜色
单击上方工具栏中的工具按钮，选择【Lables】，在弹出的窗口中可修正字体和颜色，并且能给相应的序列添加不同的符号。
4.进化树终极版本
调度好这些参数后我们的进化树已经十分都雅了，但这就够了吗？并不是！
这里给大家安利一个专门管理和编辑进化树的网站ITOL(http://itol.embl.de/)。请收藏这个神奇的网站，它能够按照预设好的注释文件编辑进化树，并且能够导出可编辑的矢量图文件。下面大略先容其用法。
4.1 上传文件
ITOL只能识别纯文本文件，包括Newick、Nexus、PhyloXML、Text和Jplace等，个中最常见的是Newick文件。MEGA就能导出Newick文件，方法是在Tree Explorer窗口中单击【File】→【Export Curren Tree (Newick)】，在新弹出的窗口中选择General，然后在新的窗口中另存为文件即可。
打开ITOL网站，第一次利用须要先注册。注册完成后选择【Upload a tree】，将上面天生的Newick文件上传。
4.2 编辑进化树
点击相应的进化树文件即可进入编辑窗口，如下图所示，左侧是进化树文件，右侧是工具栏。ITOL中供应了各种美化进化树的方法，工具栏中可以调度字体、颜色、分支长度等参数，用鼠标右键点击序列名称也可以调度字体。读者可自行考试测验。
4.3 导出文件
ITOL支持包括PNG、PDF、SVG等多种格式文件导出。导出按钮在右侧工具栏中的Export选项。导出后的PDF文件能在其他文件如AI（参看科研论文作图系列-从PPT到AI (一)）中进一步编辑和美化。
结语关于MEGA和ITOL构建进化树就先说到这里。事实上ITOL是一个非常强大的进化树编辑工具，还能够识别进化树注释文件。读者可在ITOL网站上的help中查看注释文件的解释和实例。如果想要进一步理解ITOL的读者，也欢迎留言见告